Im Chorraum entfaltet sich die " treffliche Kopie des überaus edlen Altarwerks von Mathis Grünewald (Neithard - Gothard) aus Würzburg, das dieser 1512-1516 für die Kirche des Antoniterklosters Isenheim im Elsaß gemalt hat und das jetzt im Museum in Colmar ist " (Mayer S. 358) Diese Kopie wurde in jahrzehntelanger Arbeit gefertigt von einem Bamberger Pfarrer, Karl Sohm (Altmannshausen, zuletzt Geiselwind +1956), einem hervorragenden Kenner der Bilder und Arbeitsweise Grünewalds. Es ist die einzige originalgroße Kopie des berühmten Isenheimer Altars in Deutschland. Allerdings fehlen dem Flügelaltar in St. Kunigund die zwei Bildtafeln der Versuchung des Einsiedlers Antonius und der Zwiesprache des Antonius mit seinem Freunde Paulus.
Kunsthistoriker Prof. Dr. Heinrich Mayer machte den Vorschlag, dieses einmalige Werk der Erzdiözese zu erhalten und es in der Kunigundenkirche aufzustellen. Erzbischof Joseph Otto erwarb die Kopie für die neue Kirche.